Ur. 12 marca 1936 r. w Tarnowie w rodzinie inteligenckiej. Po
wybuchu II wojny światowej w 1940 r. Rosjanie wywieźli całą rodzinę
na Sybir. Przebywali tam przez całą wojnę. Po jej zakończeniu
rodzina wróciła do Polski. W roku 1953 r. Michał Heller zdał maturę,
a następnie wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Tarnowie. Po
ukończeniu studiów filozoficzno-teologicznych, 26 kwietnia 1959 r.
otrzymał święcenia kapłańskie. Po nich przez rok pracował na parafii
w Ropczycach.
W czasach PRL-u, jako ksiądz nie mógł studiować fizyki na
uniwersytecie państwowym, więc rozpoczął w 1960 r. studia z
filozofii przyrody na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. W trakcie
studiów wielokrotnie starał się o paszport, aby podjąć dalszą naukę
w Rzymie. Władze odmawiały mu paszportu aż do początku lat 70.
Studia w KUL absolwent filozofii przyrody ukończył w 1965 r. Wkrótce
potem został mianowany prefektem i wykładowcą filozofii przyrody w
Seminarium Duchownym w Tarnowie. Równocześnie przygotowywał rozprawę
doktorską z kosmologii relatywistycznej.
W 1966 r. uzyskał doktorat na KUL. Wkrótce potem rozpoczął pracę
nad rozprawą habilitacyjną, uzupełniając swoje studia lubelskie jako
wolny słuchacz na Wydziale Fizyki Uniwersytetu Jagiellońskiego w
Krakowie. Habilitował się w Katolickim Uniwersytecie Lubelskim w
1969 r. W 1972 r. objął stanowisko docenta na Papieskim Wydziale
Teologicznym, w latach późniejszych przekształconym w Papieską
Akademię Teologiczną. W 1985 r. uzyskał tytuł profesora
nadzwyczajnego PAT w Krakowie, a w 1990 tytuł profesora zwyczajnego.
Ks. Heller jest m. in. autorem lub współautorem ponad 50 książek
i ponad 300 artykułów filozoficznych, teologicznych i
popularnonaukowych.
Profesor Wydziału Filozofii Papieskiej Akademii Teologicznej,
pracownik Obserwatorium Watykańskiego, członek zwyczajny Papieskiej
Akademii Nauk, Polskiego Towarzystwa Fizycznego, Polskiego
Towarzystwa Astronomicznego, International Astronomical Union,
European Physical Society, International Society for General
Relativity and Gravitation, International Society for Science and
Theology.
Laureat prestiżowej Nagrody im. Tmepletona (2008).